จนถึงขณะนี้ พล.อ.อ.สุกำพล สุวรรณทัต รัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม ยังคงปฏิเสธทราบคำสั่งศาลปกครองกรณี พล.อ.เสถียร เพิ่มทองอินทร์ ปลัดกระทรวง และ พล.อ.ชาตรี ทัตติ รองปลัดกระทรวงกลาโหมเข้ายื่นคำร้องขอเพิกถอนและทุเลาคำสั่งไว้ก่อน โดย พ.อ.ธนาธิป สว่างแสง โฆษกกระทรวงกลาโหม ระบุว่า รัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม รับทราบเพียงกระบวนการ แต่ยังไม่ได้รับเอกสารผลการพิจารณาอย่างเป็นทางการ
ขณะเดียวกัน โฆษกกระทรวงกลาโหม เปิดเผยว่า ในกระบวนการต่อสู้คดีนั้น รัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม ได้สั่งการให้กรมพระธรรมนูญ ติดตามศึกษาและดูแลในเรื่องข้อกฎหมาย และให้กรมเสมียนตราดูในเรื่องรายละเอียดของระเบียบข้อบังคับที่เกี่ยวข้องทั้งหมด โดยมีรายงานว่าจะมีการแถลงชี้แจงเพิ่มเติมในวันพรุ่งนี้ (13 ก.ย.)
ช่วงเย็นวันนี้ (12 ก.ย.) สำนักงานศาลปกครอง เผยแพร่คำสั่งผ่านเว็บไซต์แล้ว โดยสาระสำคัญ คือศาลปกครองรับคำร้องไว้พิจารณา โดยเห็นว่าคำสั่งเรียกช่วยราชการสำนักงานรัฐมนตรี เป็นคำสั่งไม่ชอบด้วยกฎหมาย จึงมีอำนาจในการวินิจฉัยคำฟ้อง
ส่วนกรณีการขอทุเลาการบังคับใช้คำสั่งนั้น ศาลมีคำสั่งทุเลากรณีของ พล.อ.ชาตรี เพราะเห็นว่าไม่มีความเกี่ยวโยงกับความผิดทางวินัย แต่มีคำสั่งยกคำขอทุเลากรณี พล.อ.เสถียร เพราะมีข้อมูลหลักฐานการนำความลับทางราชการไปเปิดเผยบุคคลภายนอก
ขณะที่ทีมทนายซึ่งเป็นผู้รับมอบอำนาจจาก พล.อ.เสถียร จะมีการปรึกษาหารือกันว่าจะมีการยื่นอุทธรณ์คำสั่งของศาลปกครองกลาง ที่ไม่สั่งระงับคำสั่งของรมว.กลาโหมที่ให้ พล.อ.เสถียรไปปฏิบัติราชการที่สำนักงานรัฐมนตรีกระทรวงกลาโหมต่อศาลปกครองสูงสุดหรือไม่ต่อไป
ส่วนบัญชีการแต่งตั้งโยกย้ายนายทหารประจำปีของกระทรวงกลาโหม ที่คาดการณ์ว่าจะมีชื่อ พล.อ.ทนงศักดิ์ อภิรักษ์โยธิน เป็นปลัดกระทรวงกลาโหมนั้นอยู่ในขั้นตอนของการนำขึ้นทูลเกล้าฯแต่งตั้ง โดยนายกรัฐมนตรี ได้ลงนามรับรองแล้ววานนี้ (11 ก.ย.) โดยเบื้องต้นกฤษฎีกายืนยันว่า คำสั่งศาลปกครองไม่มีผลย้อนหลัง ยับยั้งหรือเปลี่ยนแปลงได้