นายปลอดประสพ สุรัสวดี รองนายกรัฐมนตรี ในฐานะประธาน กบอ. กล่าวว่า การจัดตั้งกระทรวงทรัพยากรน้ำ เป็นเรื่องที่มีความสำคัญ และจะส่งผลดีต่อการแก้ปัญหาน้ำในระยะยาวตามนโยบายของนายกรัฐมนตรี นอกจากนี้ การจัดตั้งกระทรวงน้ำ จะเป็นการรองรับโครงการต่าง ๆ ที่จะเกิดขึ้นจาก พ.ร.ก. บริหารจัดการน้ำฯ 3.5 แสนล้านบาท ซึ่งจะทำให้การบริหารจัดการแก้ไขปัญหาน้ำมีความยั่งยืนและจะทำให้ประชาชนเกิดความเชื่อมั่นว่า โครงการบริหารจัดการน้ำฯจะเกิดขึ้นจริงและเป็นโครงการที่ยั่งยืน
ด้าน รศ.สรี ศุภราทิตย์ ผู้อำนวยการศูนย์การเปลี่ยนแปลงภูมิอากาศและภัยพิบัติ มหาวิทยาลัยรังสิต แสดงความเห็นว่า ประเด็นสำคัญขณะนี้คง ไม่ใช่การมีกระทรวงน้ำหรือไม่มีกระทรวงน้ำ ซึ่งปัจจุบันมีคณะกรรมการบริหารจัดการน้ำและอุทกภัย หรือ กบอ. ทำหน้าที่บริหารงานกลางอยู่แล้ว
แต่จากเหตุการณ์น้ำท่วมที่ อ.กบินทร์บุรี อ.ศรีมหาโพธิ จ.ปราจีนบุรี ในเชิงหลักการสะท้อนให้เห็นว่า ถึงแม้จะมีกระทรวงน้ำเกิดขึ้น แต่เชิงพื้นที่จะต้องมีความเข้มแข็ง ที่สำคัญต้องให้ผู้ว่าราชการจังหวัด ตัดสินใจบูรณาการในพื้นที่ และสามารถบริหารจัดการได้ ไม่ใช่เพียงการตัดสินใจที่ส่วนกลาง
รศ.เสรี ระบุด้วยว่า ปัจจุบันในทางปฏิบัติ กบอ. ทำให้จังหวัดอ่อนแอ เพราะต้องรอคำสั่ง ทั้งที่สถานการณ์วิกฤติจนเลยการตัดสินใจไปแล้ว จนยากที่จะควบคุมให้อยู่ในกรอบ ดังนั้นแม้จะมีกระทรวงน้ำเกิดขึ้น ยังคงต้องให้ความสำคัญต่อการจัดการเชิงพื้นที่ จึงต้องสร้างความเข้มแข็ง องค์ความรู้ รวมถึงงบประมาณต่าง ๆ พร้อมให้ในการทำงานบูรณาการ หรือตัดสินใจบนพื้นฐานของข้อมูล