โปรดเกล้าฯ ประดิษฐานพระศพพระสังฆราชฯ ณ ตำหนักเพ็ชร วัดบวรฯ 15 วัน
พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว โปรดเกล้าฯ ให้ประกาศไว้ทุกข์ในพระราชสำนัก 15 วัน และโปรดเกล้าให้ประดิษฐานพระศพสมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก ไว้ ณ ตำหนักเพ็ชร วัดบวรนิเวศวิหาร ราชวรวิหาร และถวายเกียรติตามราชประเพณีทุกประการ
สำนักพระราชวัง โดยนายแก้วขวัญ วัชโรทัย ได้ออกประกาศ ไว้ทุกข์ในพระราชสำนัก "โดยเลขาธิการพระราชวัง รับพระบรมราชโองการฯ ให้ประกาศว่า สมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก สิ้นพระชนม์ เนื่องจากติดเชื้อในกระแสพระโลหิต ณ โรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ สภากาชาดไทย เมื่อวันพฤหัสบดี ที่ 24 ตุลาคม 2556 เวลา 19.30 น.
พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทราบฝ่าละอองธุลีพระบาทด้วยความเศร้าสลด พระราชหฤทัยอย่างยิ่ง จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ไว้ทุกข์ในพระราชสำนัก 15 วัน นับตั้งแต่วันศุกร์ที่ 25 ตุลาคม 2556 ถึงวันศุกร์ที่ 8 พฤศจิกายน 2556 และโปรดเกล้าให้ประดิษฐานพระศพไว้ ณ พระตำหนักเพ็ชร วัดบวรนิเวศวิหาร ราชวรวิหาร และถวายพระเกียรติ ตามราชประเพณีทุกประการ"
และสำนักนายกรัฐมนตรีได้ออกประกาศ เรื่องสมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก สิ้นพระชนม์ลง วันที่ 24 ตุลาคม 2556 นั้น รัฐบาลได้รับทราบด้วยความโศกเศร้าอย่างยิ่ง และได้พิจารณาเห็นว่า โดยที่ สมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก ได้บำเพ็ญสรรพกรณียกิจอันเป็นประโยชน์แก่บวรพระพุทธศาสนา และการปกครองคณะสงฆ์ ในสังฆมลฑล ตลอดจนพุทธศาสนิกชนไทยตลอดมา จึงเห็นสมควรประกาศ ดังนี้
1. ให้สถานที่ราชการ หน่วยงานของรัฐ รัฐวิสาหกิจ และสถานศึกษา ทุกแห่ง ลดธงครึ่งเสา มีกำหนด 3 วัน ตั้งแต่วันที่ 25 - 27 ตุลาคม 2556 2. ให้ข้าราชการ ลูกจ้าง พนักงานของส่วนราชการ หน่วยงานของรัฐและรัฐวิสาหกิจ ไว้ทุกข์ มีกำหนด 15 วัน ตั้งแต่วันที่ 25 ตุลาคม 2556 ถึงวันที่ 8 พฤศจิกายน 2556 ทั้งนี้ ขอความร่วมมือองค์กรอิสระทุกแห่งได้ดำเนินการตามแนวทางดังกล่าวข้างต้นโดยพร้อมเพรียงกัน
ทันที ที่ได้ฟังแถลงการณ์ฉบับสุดท้ายจากโรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ สภากาชาดไทย ระบุว่าสมเด็จพระสังฆราช สิ้นพระชนม์ อ.สุภา คชวัตร อายุ 60 ปี หลานสาวคนที่ 2 ของสมเด็จพระสังฆราชฯ เล่าถึงพระอาการว่า ทรงไม่ตรัสมาประมาณ 8 ปีแล้ว และทรงนั่งบนรถเข็นตลอด เนื่องจากทรงพระชราภาพมากแล้ว ทางครอบครัวได้เตรียมใจไว้ล่วงหน้าแล้วว่า การเกิดแก่เจ็บตาย เป็นของธรรมดา ส่วนเรื่องพระศพ ทางครอบครัว และชาวกาญจนบุรีคงต้องทำตามพระราชประเพณีที่ทางราชการกำหนด สำหรับพิธีการอื่นๆ ที่ทาง จ.กาญจนบุรี คงต้องเป็นเรื่องของผู้ว่าราชการจังหวัดและคณะสงฆ์ต่อไป