พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรี ส่งสารถึงนายโจโก วีโดโด ประธานาธิบดีอินโดนีเซีย เพื่อแสดงความเสียใจต่อเหตุการณ์ระเบิดกลางกรุงจาการ์ตา โดยเนื้อหาระบุถึงการแสดงความเสียใจต่อเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นและยืนยันว่าประเทศไทยขอประณามผู้กระทำการดังกล่าว
ด้านนายภาสกร ศิริยะพันธุ์ เอกอัครราชทูตไทยประจำกรุงจาการ์ตา ประเทศอินโดนีเซีย เปิดเผยว่า สถานเอกอัครราชทูตออกคำเตือนไปยังคนไทยในกรุงจาการ์ตาที่มีอยู่ราว 300-500 คน จากคนไทยที่อาศัยอยู่ในอินโดนีเซียประมาณ 4,000 คน ผ่านทางเอสเอ็มเอสและเฟซบุ๊ก
จากตรวจสอบไม่พบคนไทยในกรุงจาการ์ตาได้รับบาดเจ็บหรือเสียชีวิต ซึ่งที่ผ่านมาฝ่ายทหารและข่าวกรองของไทยแลกเปลี่ยนข้อมูลด้านความมั่นคงกับฝ่ายอินโดนีเซียมาโดยตลอดและไม่มีคำเตือนจากทางการอินโดนีเซียให้สถานทูตเพิ่มมาตรการรักษาความปลอดภัยของตนเองมากขึ้นแต่อย่างใด สำหรับวันนี้ (15 ม.ค.2559) สถานเอกอัครราชทูตไทยในกรุงจาการ์ตาเปิดทำการตามปกติ เพราะไม่ได้รับผลกระทบใดๆ
หลังเกิดเหตุระเบิด พล.ต.ท.ศานิตย์ มหถาวร รักษาราชการแทนผู้บัญชาการตำรวจนครบาล เดินทางไปสังเกตการณ์ที่หน้าสถานเอกอัครราชทูตอินโดนีเซีย ประจำประเทศไทย พร้อมให้ตำรวจนครบาลพญาไทตั้งกองอำนวยการดูแลความปลอดภัยบริเวณหน้าสถานเอกอัครราชทูตอินโดนีเซียตลอด 24 ชั่วโมง ขณะที่ผู้บังคับการตำรวจภูธร จ.ภูเก็ต สั่งการให้ทุกสถานีตำรวจเพิ่มความเข้มข้นในมาตรการรักษาความปลอดภัยของแหล่งท่องเที่ยว รวมถึงสถานที่สำคัญและพื้นที่เชิงสัญลักษณ์ต่างๆ
สำหรับเหตุระเบิดที่เกิดขึ้น นายศราวุฒิ อารีย์ รองผู้อำนวยการศูนย์มุสลิมศึกษา สถาบันเอเชียศึกษา จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ประเมินว่า เป็นผลที่เกิดขึ้นต่อเนื่องจากสงครามอัฟกานิสถานและสงครามซีเรีย ซึ่งสิ่งที่ประเทศในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้จะต้องมีความชัดเจน คือท่าทีความร่วมมือและความสัมพันธ์กับประเทศมหาอำนาจ เพราะอาจเป็นการสร้างเงื่อนไขให้กลุ่มต่อต้านประเทศมหาอำนาจเข้ามาใช้เป็นพื้นที่ก่อเหตุได้
นักวิชาการด้านมุสลิมศึกษายังประเมินด้วยว่า สำหรับประเทศในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ อินโดนีเซีย นับว่าเป็นประเทศที่มีความเสี่ยงต่อการเข้ามาเผยแพร่แนวคิดด้านความรุนแรงเป็นอันดับแรก ส่วนประเทศที่คาดว่าเป็นเป้าหมายในการก่อเหตุ คือประเทศสิงคโปร์ เพราะมีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับประเทศมหาอำนาจฝั่งตะวันตกอย่างสหรัฐอเมริกา