บทบาท 
โครงสร้างของศูนย์ปฏิบัติการแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ หรือ ศปก.จชต. จะมีสภาความมั่นคงแห่งชาติ หรือ สมช.เป็นหน่วยงานหลักที่ดูแลภาพรวมของโครงสร้างทั้งหมด และจะแยกส่วนทำงานกับหน่วยงานอื่น ทั้งกองอำนวยการรักษาความมั่นคงในราชอาณาจักร หรือ กอ.รมน. และศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ หรือ ศอ.บต.
โดยพล.ต.ดิฎฐพร ศศะสมิต โฆษก กอ.รมน. ระบุว่า ศปก.จชต.จะเป็นองค์กรเฉพาะกิจ และเป็นเครื่องมือกลั่นกรองงานเสนอต่อนายกรัฐมนตรีเท่านั้น ขณะที่พลตำรวจเอกวิเชียร พจน์โพธิ์ศรี ยืนยัน "กอ.รมน." และ "ศอ.บต." ได้สรุปโครงสร้าง ศปก.จชต. โดยจะมีบทบาทประสานข้อมูลด้านการข่าว และเน้นงานการพัฒนาและประชาสัมพันธ์
ศปก.จชต. แม้จะกลายเป็นองค์กรที่รัฐบาลคาดหวังจะเข้ามาร่วมคลี่คลายปัญหาความไม่สงบในจังหวัดชายแดนภาคใต้ แต่ก็กลายเป็นประเด็นให้เกิดความเห็นต่างในฝ่ายปฏิบัติ ด้วยข้อสังเกตถึงการทำงานที่ซ้ำซ้อนและความไม่ชัดเจนในโครงสร้างว่าจะเป็นฝ่ายนโยบายหรือฝ่ายปฏิบัติ หรือแม้แต่ชื่อเรียกยังถูกสับเปลี่ยนจนเกิดความสับสน
เมื่อลำดับโครงสร้างการแก้ปัญหาในภาคใต้ จะมีคณะกรรมการขับเคลื่อนนโยบายและยุทธศาสตร์การแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้(กปต.) ซึ่งมีนายกรัฐมนตรีเป็นประธาน ขณะเดียวกัน ศปก.จชต. จะมีพล.อ.ยุทธศักดิ์ ศศิประภา เป็นผู้อำนวยการศูนย์ และมี ร.ต.อ.เฉลิม อยู่บำรุง รองนายกรัฐมนตรี ที่กำกับดูแลสำนักงานตำรวจแห่งชาติ,นายยงยุทธ วิชัยดิษฐ์ รองนายกรัฐมนตรีและรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย และพล.อ.อ.สุกำพล สุวรรณทัต รัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม ร่วมเป็นรองผู้อำนวยการ ด้วยเจตนาที่ต้องการให้ร่วมขับเคลื่อนงาน "ตำรวจ ทหาร และฝ่ายปกครอง"
ขณะเดียวกันฝ่ายเลขาธิการ ศปก.จชต. จะมีผู้แทนจาก สมช.,ศอ.บต.,และกอ.รมน.ร่วมปฏิบัติหน้าที่ และคาดการณ์ว่า พล.อ.ศิริชัย ดิษฐกุล อาจได้รับการเสนอชื่อเป็นเลขาธิการ ซึ่ง นายกรัฐมนตรี จะพิจารณาและลงนามในโครงสร้างและขอบข่ายอำนาจหน้าในที่ประชุมนัดสุดท้าย วันศุกร์ที่ 24 สิงหาคมนี้