หลายหน่วยงาน 3 จังหวัดชายแดนใต้ ไม่เห็นด้วยตั้ง ศปก. จชต. ที่กทม. หวั่นได้รับข้อมูลคลาดเคลื่อน
นักวิชาการจากมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ วิทยาเขตปัตตานี นายกเทศมนตรีเมืองปัตตานี และ ประธานสภาที่ปรึกษาของศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ ไม่เห็นด้วยกับแนวคิดจัดตั้งศูนย์ปฏิบัติการแก้ปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ หรือ ศปก. จชต. ขึ้นที่กรุงเทพมหานคร เนื่องจากเกรงว่า จะไม่ได้รับข้อมูลที่ถูกต้อง ส่งผลกระทบต่อการทำงานแก้ปัญหาความไม่สงบในพืนที่จังหวัดชายแดนภาคใต้
เจ้าหน้าที่ด้านความมั่นคงคนหนึ่งยอมรับว่า ยังมีปัญหาในเรื่องของตัวบุคคลที่จะมาทำหน้าที่เลขาธิการ ศปก.จชต. โดยทางกองทัพต้องการให้ พล.อ.ดาว์พงษ์ รัตนสุวรรณ รองผู้บัญชาการทหารบกมาทำหน้าที่ดังกล่าว เพื่อประสานการทำงานกับฝ่ายความมั่นคงในพื้นที่ ขณะที่ฝ่ายการเมืองไม่เห็นด้วย ปัญหาขัดแย้งในเรื่องดังกล่าวทำให้นายกรัฐมนตรียังไม่ได้ลงนามในคำสั่งจัดตั้งศปก.จชต.