จากนโยบายการยุบและควบรวมโรงเรียนที่มีนักเรียนต่ำกว่า 60 คน ของกระทรวงศึกษาธิการ ทำให้เกิดกระแสคัดค้านอย่างก้วางขวาง
นายพงษ์เทพ เทพกาญจนา รองนายกรัฐมนตรี และ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ ชี้แจงผ่านรายการรัฐบาลยิ่งลักษณ์พบประชาชน ยืนยันเหตุผลการยุบรวมโรงเรียนเพื่อต้องการยกระดับคุณภาพการศึกษา ไม่ได้เป็นเรื่องของการขาดงบประมาณสนับสนุน โดยการยุบรวมต้องได้รับความเห็นชอบจากประชาชนในพื้นที่ รวมถึงมีการหารือกับผู้ปกครองและผู้อำนวยการโรงเรียนก่อน
ด้านสมาคมสภาการศึกษาทางเลือกไทย ชมรมเครือข่ายโรงเรียนชุมชนแห่งประเทศไทย ออกแถลงการณ์คัดค้าน และมีข้อเสนอให้กระทรวงศึกษาธิการ พัฒนาโรงเรียนขนาดเล็ก เป็นโรงเรียนชุมชน ที่จัดการศึกษา 3 รูปแบบคือ การศึกษาในระบบนอกระบบ และตามอัธยาศัย จัดตั้งกองทุนพัฒนาคุณภาพโรงเรียนชุมชน แห่งละ 200,000 บาทต่อปี ปรับปรุงแก้ไขกฎหมาย และระเบียบที่เป็นอุปสรรคต่อการพัฒนาโรงเรียนขนาดเล็ก เช่น เกณฑ์การจัดสรรครูและงบประมาณ จัดตั้งสำนักงานคณะกรรมการบริหารจัดการโรงเรียนชุมชน และการศึกษาทางเลือกไทย เพื่อดูแลโรงเรียนขนาดเล็ก
ขณะที่นายชวนนท์ อินทรโกมาลย์สุต โฆษกพรรคประชาธิปัตย์ แถลงคัดค้านแนวทางยุบโรงเรียนขนาดเล็ก โดยต้องการให้กระทรวงศึกษาธิการแก้ไขเรื่องคุณภาพการศึกษา จัดรูปแบบการเรียนการสอนให้เหมาะสม และ ทำโรงเรียนดีเด่นประจำตำบล เพื่อให้โรงเรียนขนาดเล็กเป็นทางเลือก มากกว่าการยุบหรือควบรวม