เหตุขัดข้องรถไฟฟ้าแอร์พอร์ต เรล ลิงก์ เมื่อวันที่ 21 มี.ค.2559 สาเหตุหนึ่งเกิดจากระบบไฟฟ้าสำรองที่มีปัญหาจนทำให้ระบบปรับอากาศหยุดทำงานและประตูไม่เปิด นอกจากนี้ยังเกิดการเสื่อมสภาพเพราะใช้งานมา 5 ปี ขณะที่การซื้อระบบไฟฟ้าสำรองใหม่ยังไม่ได้รับการอนุมัติจากการรถไฟแห่งประเทศไทย (ร.ฟ.ท.) เพราะแอร์พอร์ต เรล ลิงก์ ขออนุมัติด้วยวิธีพิเศษเร่งด่วน ซึ่งโครงการวงเงินสูงกว่า 32 ล้านบาท เกินอำนาจของผู้ว่าการรถไฟฯ จึงต้องให้บอร์ดของการรถไฟฯ พิจารณา
ผศ.ประมวล สุธีจารุวัฒน อาจารย์ประจำคณะวิศวกรรมศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย กล่าวถึงกรณีนี้ว่า แอร์พอร์ต เรล ลิงก์ มีปัญหาเรื่องโครงสร้างการบริหารที่ต้องอยู่ภายใต้การรถไฟแห่งประเทศไทย แตกต่างจากหน่วยงานระบบรางอื่นๆ เช่น รถไฟฟ้าบีทีเอส และรถไฟฟ้าใต้ดิน MRT ที่มีผู้รับเหมารับผิดชอบเรื่องการซ่อมบำรุงอย่างเป็นระบบ ขณะที่รถไฟฟ้าแอร์พอร์ต เรล ลิงก์ ไม่เคยมีการซ่อมบำรุงใหญ่ทั้งระบบ จึงไม่สามารถยืนยันและรับรองได้ว่าระบบราง ตัวรถ และระบบอาณัติสัญญาณมีความปลอดภัย ปัญหาที่เกิดขึ้นวานนี้ (21 มี.ค.2559) จึงอาจเป็นสัญญาณเตือนอย่างรุนแรงว่า จำเป็นจะต้องมีการซ่อมบำรุงและจัดหาอะไหล่ใหม่ นอกจากนี้แอร์พอร์ต เรล ลิงก์ ควรเร่งสร้างความเข้าใจให้แก่ประชาชนหากเกิดภาวะฉุกเฉินขึ้น รวมถึงรถไฟฟ้าขนส่งมวลชนในระบบอื่นๆ ก็ต้องทำแผนฉุกเฉินเพื่อรองรับด้วยเช่นกัน
ปัจจุบันรถไฟฟ้าแอร์พอร์ต เรล ลิงก์ มีทั้งหมด 9 ขบวน แต่ใช้งานได้ 7 ขบวน ที่เหลืออยู่ระหว่างการซ่อมและจัดหาอะไหล่ ขณะที่ก่อนหน้านี้มีความพยายามในการจัดซื้อขบวนรถใหม่ แต่ยังไม่สามารถทำได้ เนื่องจากมีข้อสังเกตว่าอาจมีการล็อกสเปกเกิดขึ้น
พล.อ.ดรัณ ยุทธวงษ์สุข กรรมการและรักษาการกรรมการผู้อำนวยการใหญ่ บริษัท รถไฟฟ้า ร.ฟ.ท. จำกัด กล่าวว่า บริษัทเป็นเพียงบริษัทลูกของการรถไฟฯ มีหน้าที่เพียงเดินรถ ไม่มีหน้าที่ในการซ่อมบำรุง พร้อมกล่าวยืนยันว่า ที่ผ่านมาการซ่อมบำรุงทำตามกำหนด โดยเมื่อครบกำหนดที่ 1.2 ล้านกิโลเมตรแรก ได้มีการตรวจสอบสภาพรถไฟแล้ว
ผู้บริหารแอร์พอร์ต เรล ลิงก์ ยังยืนยันว่ารถทุกขบวนจะมีการตรวจสอบก่อนปล่อยออกไปให้ประชาชนใช้บริการและมีการซ่อมบำรุงอย่างสม่ำเสมอ ท่ามกลางปัญหาความล่าช้าและความเชื่อมั่นของระบบในการให้บริการว่าจะทำอย่างไรไม่ให้เกิดปัญหาเช่นนี้อีก