เนื้อหาในมาตรา 54 ของร่างรัฐธรรมนูญ ฉบับลงประชามติ ที่กำหนดให้รัฐต้องจัดให้เด็กทุกคนได้รับการศึกษาเป็นเวลา 12 ปี ตั้งแต่ก่อนวัยเรียนถึงการศึกษาภาคบังคับ ทำให้สังคมเกิดข้อกังวล ว่า นโยบายเรียนฟรี 15 ปี ที่เดิมรัฐเคยสนับสนุนจนถึงระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนปลายจะต้องยุติหรือไม่
ปัญหาดังกล่าวถูกแก้ด้วยคำสั่ง คสช.ที่ 28/2559 ว่านโยบายเรียนฟรีจะยังมีต่อไป แม้ว่าร่างรัฐธรรมนูญจะผ่าน หรือ ไม่ผ่านประชามติก็ตาม โดยในปีการศึกษา 2559 สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) ระบุว่า นักเรียนกว่า 7,200,000 คน จะได้รับการสนับสนุนค่าใช้จ่ายเรียนฟรี 5 รายการตามเดิม คือ ค่าจัดการเรียนการสอน หนังสือเรียน อุปกรณ์การเรียน เครื่องแบบนักเรียน และกิจกรรมพัฒนาผู้เรียน ประมาณกว่า 40,000 ล้านบาท ส่วนเงินเรียกเก็บอื่นๆ จากสถานศึกษา จากนี้ต้องผ่านมติคณะรัฐมนตรีตามที่ระบุไว้ในคำสั่ง คสช.
ศ.สมพงษ์ จิตระดับ คณะครุศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย กังวลว่า นโยบายดังกล่าวจะเป็นภาระผูกพันงบประมาณของรัฐบาลในอนาคต เพราะหากร่างรัฐธรรมนูญผ่านประชามติควบคู่กับการบังคับใช้กฎหมายตามคำสั่ง คสช. นั่นอาจหมายถึง รัฐต้องสนับสนุนเงินเพื่อส่งเสริมการศึกษาตั้งแต่ระดับก่อนวัยเรียนเพิ่มขึ้น
"การศึกษาระดับประถมวัย หรือระดับก่อนอนุบาล ส่วนใหญ่ท้องถิ่นกับเอกชนจัด กระทรวงศึกษาธิการต้องทำรูปแบบให้ดี ให้ชัดเจนว่าเราจัดเพื่ออะไร และสิ่งที่คนพูดถึงน้อย คือ จะมีกองทุนเกิดขึ้นอีก เพื่อช่วยเหลือเด็กยากจน เด็กด้อยโอกาส มันจะเป็นเงินมหาศาล" ศ.สมพงษ์กล่าว
การปรับปรุงกฎหมายที่เกี่ยวข้องภายใน 6 เดือน ตามคำสั่ง คสช. เป็นอีกประเด็นที่ นักวิชาการเห็นว่า ต้องพิจารณาอย่างรอบคอบ โดยเฉพาะประกาศกระทรวงฉบับต่างๆ ที่กำหนดการเรียกเก็บเงินบำรุงการศึกษา การระดมทรัพยากรของสถานศึกษาและอาจจำเป็นต้องแก้กฎหมายการศึกษาแห่งชาติปี 2542 นอกจากนี้อาจต้องเพิ่มโทษหากพบการเรียกเก็บเงินนอกเหนือจากที่กำหนดไว้
ขณะที่ พล.อ.ดาว์พงษ์ รัตนสุวรรณ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ ยอมรับว่า มีค่าใช้จ่ายหลายส่วนที่ทำให้เรียนฟรีไม่เกิดขึ้นจริง จึงสั่งให้สถานศึกษาทั่วประเทศ รวบรวมข้อมูลค่าใช้จ่ายที่จำเป็น เพื่อให้คณะรัฐมนตรีพิจารณาถึงความเหมาะสมที่รัฐอาจต้องช่วยส่งเสริมในอนาคต