การปรับปรุงบริหารงานจังหวัดชายแดนภาคใต้ ตามคำสั่งหัวหน้า คสช.ฉบับที่ 57/2559 ด้วยการตั้งคณะกรรมการขับเคลื่อนการแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ หรือ คปต.ส่วนหน้า เป็นโครงสร้างใหม่รองรับผู้แทนพิเศษรัฐบาล เป็นจุดเปลี่ยนสำคัญของการแก้ปัญหา คำสั่งดังกล่าว กำหนดให้นายกรัฐมนตรี โดยความเห็นชอบของ ครม. แต่งตั้งผู้ทรงคุณวุฒิแก้ปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ เป็นผู้แทนพิเศษของรัฐบาล ประสานงานกับรัฐมนตรี ที่นายกรัฐมนตรีมอบหมาย รวมทั้งประสานงานกับ กอ.รมน. ศอ.บต. ภาคส่วนต่างๆ รวมถึง คปต. ที่มี พล.อ.ประวิตร วงษ์สุวรรณ นั่งเป็นประธานอยู่ พร้อมทั้งให้มีสำนักงาน คปต.ส่วนหน้าตั้งอยู่ในจังหวัดชายแดนภาคใต้
จึงเป็นที่คาดการณ์ว่า ผู้ทรงคุณวุฒิที่จะเข้ามาทำหน้าที่ผู้แทนพิเศษรัฐบาล อาจมีอดีตแม่ทัพภาคที่ 4 หลายคน และรัฐมนตรีที่จะเข้ามาดูแล คปต.ส่วนหน้า อาจจะเป็น พล.อ.สุรเชษฐ์ ชัยวงศ์ รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการ และ พล.อ.อุดมเดช สีตบุตร รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงกลาโหม ที่จะมีบทบาทลงพื้นขับเคลื่อนแก้ปัญหา
นายถาวร เสนเนียม อดีต รมช.มหาดไทยและอดีต ส.ส.พรรคประชาธิปัตย์ ที่เคยทำหน้าที่ ครม.ส่วนหน้า สมัยรัฐบาลพรรคประชาธิปัตย์ เห็นว่า เจตนารมณ์ของ คปต.ส่วนหน้า ในรัฐบาลนี้ มีรูปแบบเหมือน ครม.ส่วนหน้า ที่เคยดำเนินการมาแล้ว เน้นให้ความสำคัญกับการเร่งรัดโครงการและติดตามปัญหาในพื้นที่อย่างใกล้ชิด จึงเชื่อว่า รัฐบาลนี้ แก้ปัญหาภาคใต้มาถูกทางแล้ว แต่ปัจจัยสำคัญต้องเลือกคนทำงานที่เสียสละและเข้าใจปัญหาในพื้นที่อย่างแท้จริง
รอยต่อช่วงเดือน ต.ค.นี้ นับเป็นจุดเปลี่ยนสำคัญในการแก้ปัญหาภาคใต้ เพราะนอกจากการปรับปรุงการบริหารงานจังหวัดชายแดนภาคใต้ ด้วยคำสั่งหัวหน้า คสช.ฉบับที่ 57/2559 แล้ว ยังหมายถึงการเดินหน้าพูดคุยเพื่อสันติสุขในจังหวัดชายแดนภาคใต้ แล้วยังสอดคล้องกับจังหวะเวลาการเปลี่ยนแปลงหลายด้านในพื้นที่โดยหลังวันที่ 1 ต.ค.นี้ จะมีการสับเปลี่ยนกำลังทหาร และการเปลี่ยนตำแหน่งสำคัญในกองทัพ ตั้งแต่ผู้บัญชาการทหารบกคนใหม่ ที่มาจากเส้นทางทหารสายรบพิเศษในรอบ 10 ปี และแม่ทัพภาคที่ 4 จากทหารสายการข่าว ซึ่งไม่เพียงเป็นไปตามแผนแก้ปัญหาภาคใต้ 12 ปี ตั้งแต่ปี 2547 ที่จะเข้าสู่ระยะที่ 3 สร้างสันติสุขยั่งยืน และตั้งเป้าหมายลดเหตุรุนแรงภายใต้ปี 2559 ตามที่รัฐบาลประกาศไว้
แต่ยังเป็นที่คาดการณ์ว่า อาจจะเน้นเพิ่มความเข้มข้นในการดูแลสภาวะแวดล้อมในพื้นที่ให้เกิดความปลอดภัย เพื่อสนับสนุนยุทธศาสตร์พัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้ที่รัฐบาลนี้วางกรอบไว้ โดยยึดโยงกับนโยบายประชารัฐให้ประสบความสำเร็จ ก่อนจะส่งต่อให้รัฐบาลชุดใหม่ ในช่วงเวลาอีกกว่า 1 ปีข้างหน้าด้วย