อาคารปีกด้านซ้ายและขวาของมัสยิดกลางจังหวัดปัตตานีหลังนี้ เป็นพระมหากรุณาธิคุณ ของพระบาทสมเด็จพระปรมินทร์มหาภูมิพลอดุลยเดช ขณะเสด็จพระราชดำเนินมายังมัสยิดกลางปัตตานี เมื่อปี 2536 และทรงห่วงใยชาวมุสลิม ที่ต้องละหมาดในมัสยิดที่คับแคบ ไม่สะดวก นำมาซึ่งการบูรณะปรับปรุงอาคารใหม่ และหลังจากนั้นก็ทรงมีกระแสพระราชดำริให้ก่อสร้างมัสยิดอีกหลายแห่งในหลายจังหวัด ซึ่งบางแห่งทรงพระราชทานพระราชทรัพย์ส่วนพระองค์ในการก่อสร้าง ไม่นับรวมพระมหากรุณาธิคุณที่ทรงให้แปลความหมายของพระคัมภีร์อัลกุรอ่าน จากภาษาอาหรับเป็นภาษาไทย ซึ่งอัลกุรอ่านถือว่าเป็นรัฐธรรมนูญของคนมุสลิม
อบูนูฟัยล์ มาหะ นักบรรยายศาสนา จ.นราธิวาส กล่าวว่า "พระองค์ทรงรู้ว่านี่คือรัฐธรรมนูญที่พสกนิกรมุสลิมของท่าน จะดำรงชีวิตอยู่ในแผ่นดินของพระองค์อย่างสงบสุข พระองค์จึงทรงรับสั่งให้จุฬาราชมนตรี ต่วน สุวรรณศาสตร์ ในสมัยนั้น แปลความหมายจากภาษาอาหรับเป็นภาษาไทย"
ความทรงจำต่อพระมหากรุณาธิคุณเมื่อครั้งเสด็จพระราชดำเนินมามัสยิดกลางปัตตานีครั้งนั้น ยังคงอยู่ในความทรงจำของนายเฉ็ม เหมมีน รองประธานคณะกรรมการอิสลามประจำ จ.สงขลา ซึ่งได้เข้ารับเสด็จ และเคยได้ร่วมโต๊ะเสวยพระกระยาหารฮาลาล
นายเฉ็ม บอกว่ายังจำเหตุการณ์วันนี้ได้ดี และไม่เคยคิดว่าจะมีโอกาสที่ยิ่งใหญ่เช่นนี้ โดยไม่ทรงไม่ถือพระองค์ และตรัสถามถึงความเป็นอยู่ และปัญหาของชาวไทยมุสลิม เพื่อนำไปเป็นแนวทางในการช่วยเหลือ และไม่เคยปิดกั้นการนับถือศาสนา แต่กลับส่งเสริมให้มีการประกอบศาสนกิจตามความเชื่อของตัวเอง ทำให้จนถึงขณะนี้พระองค์ยังคงเป็นพระมหากษัตริย์ในใจอยู่เสมอ
ผู้นำศาสนาอ่านคุตบะห์เพื่อแสดงถึงพระมหากรุณาธิคุณพระบาทสมเด็จพระปรมินทร์มหาภูมิพลอดุลยเดช แก่ชาวไทยมุสลิมที่มาละหมาดวันศุกร์ ที่มัสยิดกลาง จ.สงขลา และร่วมปาฏกถาถึงพระกรณีย์กิจที่มีต่อชาวไทยมุสลิมในหลายพื้นที่ เช่นเดียวกับมัสยิดเกือบทุกแห่งในภาคใต้ ที่จัดกิจกรรมในลักษณะเดียวกัน ซึ่งมีผู้เข้าร่วมจำนวนมาก
พระมหากรุณาธิคุณของพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชที่มีต่อพสกนิกรมุสลิม ทำให้ทุกปีพระองค์จะพระราชทานรางวัลให้มัสยิด โรงเรียนสอนศาสนาอิสลาม และคณะกรรมการอิสลามประจำจังหวัดที่มีการบริหารงานอย่างมีประสิทธิภาพทุกปี และจัดทำโครงการพระราชดำริมากกว่า 1,000 โครงการในสามจังหวัดชายแดนภาคใต้ เพื่อยกระดับคุณภาพชีวิตของประชาชนให้ดีขึ้น ซึ่งส่วนใหญ่เป็นคนมุสลิม