หนึ่งในประเด็นสำคัญที่ยังเป็นอุปสรรคของการสร้างพื้นที่ปลอดภัย คือ การที่ฝ่ายมาราปาตานีขอให้รัฐบาลไทยให้ความคุ้มครองทางกฎหมายแก่ฝ่ายมาราปาตานี 15 คน รวมถึงประเด็นการขอพักโทษให้นักโทษคดีความมั่นคง เพื่อให้คนกลุ่มนี้สามารถกลับมาสื่อสารกับคนในพื้นที่ถึงกระบวนการสันติภาพที่กำลังดำเนินอยู่
นายอาดินัน อาบัส หัวหน้าชุดเจรจาฝ่ายต่างประเทศของกลุ่มมูจาฮีดีนอิสลามปัตตานี (GMIP) ซึ่งเป็นกลุ่มหนึ่งที่อยู่ใต้ร่มของมาราปาตานีกล่าวว่า ทางกลุ่มฯจะยังไม่กำหนดพื้นที่ปลอดภัย ถ้าปราศจากการรับรองความปลอดภัยของคนที่ทำเรื่องนี้
"มันติดขัดตรงที่ข้อเสนอของแต่ละฝ่ายยังตกลงกันไม่ได้ในหลายเรื่อง โดยเฉพาะกรอบของตัวเองที่มีการแบ่งเป็นสามกลุ่ม คือ กลุ่มแกนนำ กลุ่มทางความคิด และกลุ่มนักเจรจา ซึ่งทุกครั้งที่ข้อเสนอก็จะถูกนำกลับไปหารือ ต้องกลับไปหารือกับผู้ที่มีอำนาจการตัดสินใจทุกครั้งเลยดูเหมือนล่าช้า"
ตูแวดานียา ตูแวแมแง ผู้อำนวยการสำนักปาตานีรายาเพื่อสันติภาพและการพัฒนา กล่าวว่าสิ่งที่ท้าทายทางการไทยในขณะนี้ คือ การที่จะต้องไม่ทำให้ฝ่ายขบวนการรู้สึกว่าทางการไทยกำลัง "ขุดบ่อล่อปลา" ให้เขาไปติดกับดักและใช้งานด้านการข่าวและความรุนแรงไปปราบปรามคนที่อยู่ในโครงสร้างของกลุ่มที่ยังปิดลับอยู่
ปัจจัยแทรกซ้อนที่เกิดขึ้นระหว่างการพูดคุยโดยเฉพาะเหตุรุนแรงที่เกิดขึ้นกับเป้าหมายอ่อนแอ ทำให้คู่เจรจาถูกตั้งคำถามถึงอำนาจในการควบคุมกองกำลัง และกลายเป็นปัจจัยท้าทายสำคัญต่อกระบวนการสันติภาพ
ทีมข่าวไทยพีบีเอสสัมภาษณ์นายอิสมาแอล อับดุลเลาะห์ ผู้บัญชาการกองกำลังติดอาวุธคนที่ 1 กลุ่มมูจาฮีดีนอิสลามปัตตานี ซึ่งยืนยันกับทีมข่าวว่า "ครู เราไม่ทำ พยาบาล พระ ผู้นำศาสนา เราไม่ทำเรารู้กฎของการสู้รบดี ในกฎหมายอิสลามก็ไม่ได้อนุญาตให้เราทำลายเป้าอ่อนแอเช่นกัน"
การเสนอพื้นที่ปลอดภัยเป็นเครื่องมือสำคัญที่ทั้งสองฝ่ายเห็นพ้องกันว่าจะช่วยสร้างความไว้เนื้อเชื้อใจ แม้ว่าโครงสร้างของพื้นที่ที่ต่างฝ่ายต่างนำเสนอจะแตกต่างกันบ้างในรายละเอียด แต่มีเจตนารมณ์ร่วมกันที่จะเปิดพื้นที่ให้คนในสามจังหวัดชายแดนภาคใต้มีส่วนร่วมสร้างพื้นที่ปลอดภัย
ขณะที่นายรักชาติ สุวรรณ เครือข่ายไทยพุทธเพื่อสันติภาพเสนอว่าทั้งสองฝ่ายควรถอยคนละก้าวและอย่าเอาประชาชนเป็นตัวประกัน
"เขาต้องถอยกันคนละก้าว และต้องสื่อสารกันให้ชัดเจนเพื่อให้เดินหน้าต่อไปได้ อย่าเอาประชาชนมาเป็นหลักประกัน ถ้าต่างฝ่ายต่างอ้างว่าทำเพื่อประชาชน ต้องให้ประชาชนไปมีส่วนร่วมกำหนดทุกอย่างด้วยตัวเอง" เขาให้ความเห็น
ด้านนายมันโซร์ สาและ รองประธานสภาประชาสังคมชายแดนใต้กล่าวว่าแม้ขบวนรถไฟสันติภาพจะขับเคลื่อนไปอย่างช้าๆ แต่ก็ยังดีกว่าหยุดวิ่ง ซึ่งหัวใจสำคัญของการที่จะทำให้รถไฟขบวนนี้เดินหน้าไปได้คือการมีส่วนร่วมของประชาชน
"แม้ว่าคนในพื้นที่บางส่วนจะไม่เห็นด้วยกับกลุ่มมาราปาตานี แต่เราก็ไม่อยากให้กระบวนการนี้หยุดชะงัก เราจะเรียกมันว่าอะไรก็แล้วแต่ อยากยกหัวขบวนรถไฟสันติภาพนี้ลงจากราง แม้ว่าจะเดินช้า ก็ไม่อยากให้หยุดชะงัก เพราะมันเริ่มขึ้นแล้ว" เขาระบุ
ไม่ว่าการพูดคุยสันติสุขจะก้าวผ่านจุดแรกของการสร้างความไว้เนื้อเชื้อใจได้หรือไม่ แต่ดูเหมือนว่าแสงสันติภาพได้ถูกจุดขึ้นแล้ว จากความพยายามทั้งรัฐบาลไทย และกลุ่มผู้คิดต่างๆ จากรัฐ ทำให้การพบปะในระดับคณะทำงานฝ่ายเทคนิค ถูกกำหนดขึ้นอย่างน้อยเดือนละครั้ง เพื่อหาทางออกในการบรรลุข้อตกลงร่วมกัน