จากการวิเคราะห์ของคณะทำงานด้านการจัดการทรัพยากรทางทะเล ในสภาปฏิรูปแห่งชาติ (สปช.) พบว่ารายได้ของอุทยานแห่งชาตินั้นมาจาก 3 ช่องทางหลัก คือ ค่าธรรมเนียมเข้าอุทยานแห่งชาติ การขายสินค้าและการเปิดร้านค้าสวัสดิการ และผลประโยชน์จากระบบบริการอื่นๆ
สำหรับค่าเข้าชมอุทยานฯ นั้น อัตราค่าเข้าชมจะแตกต่างกันระหว่างนักท่องเที่ยวไทยและต่างชาติ จากการสำรวจของคณะทำงานของสปช .พบว่า รูปแบบการทุจริต จะใช้วิธีเวียนบัตรหรือซื้อบัตรครั้งเดียวใช้ได้อย่างต่ำ 7 วัน โดยจ่ายเงินแบบลดหย่อน แบ่งผลประโยชน์กันเองตามแต่จะตกลง ทำให้หางบัตรไม่ตรงกับจำนวนนักท่องเที่ยวจริง ซึ่งคณะทำงาน สปช.พบว่าวิธีนี้เป็นช่องทางที่ทำให้รายได้จากการจัดเก็บเงินค่าเข้าชมอุทยานแห่งชาติทางทะเลหายไปมากที่สุด
"ถ้าเราต้องการปฏิรูปการจัดการอุทยานแห่งชาติทางทะเล ปฏิรูปการท่องเที่ยวทางทะเล ต้องการอนุรักษ์ทะเลอย่างจริงจัง กระบวนการและระบบที่มืดมนต่อเนื่องกันมาเป็นสิบๆ ปี จะต้องมีการปฏิรูปเป็นลำดับแรก เพื่อให้ทุกอย่างกระจ่างชัด ผู้ประกอบการสบายใจ นักท่องเที่ยวก็สบายใจ กรมอุทยานฯ เองก็สบายใจ " ผศ.ธรณ์ ธำรงนาวาสวัสดิ์ อนุกรรมาธิกาปฏิรูปการจัดการทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง สปช. กล่าว
ส่วนรายได้จากสินค้าและร้านสวัสดิการ ส่วนใหญ่จะไม่เข้ารัฐ แม้จะขายในร้านสวัสดิการของอุทยานก็ตาม
ขณะที่ร้านอาหารซึ่งจัดอยู่ในระบบบริการอื่นๆ แม้ราคาอาหารจะสูง เพราะอ้างต้นทุนค่าขนส่ง แต่คณะทำงานของสปช.พบว่า บางครั้งผู้ประกอบการหรือร้านค้า ไม่ได้มีต้นทุนที่สูงตามการกล่าวอ้าง เพราะใช้วิธีฝากเรือโดยสาร ไม่ก็ใช้เรือราชการที่เบิกจ่ายค่าน้ำมันจากรัฐ
ในส่วนของการให้บริการที่พัก แม้จะไม่พบปัญหาในนักท่องเที่ยวที่จองผ่านระบบ แต่สำหรับนักท่องเที่ยวขาจร พบว่าบางแห่ง เจ้าหน้าที่ออกใบเสร็จเองโดยไม่ผ่านส่วนกลาง บางแห่ง เรียกเก็บค่าบริการ แต่ไม่ออกใบเสร็จ
"การอนุรักษ์กับการพัฒนาไปด้วยกันได้ ถ้าการอนุรักษ์นั้นมีการพัฒนาระบบที่เหมาะสมและมีประสิทธิภาพ ซึ่งปัจจุบันบอกตามตรงว่ายังไม่มี" ผศ.ธรณ์กล่าวเพิ่มเติม
พล.อ.ดาว์พงษ์ รัตนสุวรรณ รัฐมนตรีว่าการทระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมกล่าวว่าปัญหานี้เป็นปัญหาที่ต้องแก้ทั้งระบบ จึงเตรียมตั้งคณะทำงานอนุรักษ์พื้นที่ทางทะเล ขึ้นมาตรวจสอบและดูแลปัญหาที่เกิดขึ้น กับพื้นที่ท่องเที่ยวในเขตอุทยานแห่งชาติทางทะเลทั้งหมด รวมถึงบูรณาการแผนงานกับภาคส่วนต่างๆ
"การทำงานในเรื่องนี้ต้องได้รับการยอมรับจากผู้ปฏิบัติ ผู้บริหาร โดยเฉพาะเรื่องของทรัพยากรธรรมชาตินั้นมีหน่วยงานที่เกี่ยวข้องเยอะมาก ทุกคนต้องยอมรับในสิ่งที่เราจะปรับหรือจะแก้ ถ้าคิดจากผมคนเดียวมันไปไม่รอด" พล.อ.ดาว์พงษ์กล่าว
แม้จะดึงรายได้เข้าประเทศจำนวนมาก แต่หลายฝ่ายก็เห็นตรงกันว่า หากขาดการควบคุม การเติบโตของธุรกิจท่องเที่ยว ก็อาจเป็นช่องโหว่ให้เกิดการตักตวงผลประโยชน์ และทำให้แนวคิดอนุรักษ์ ตามเจตนารมณ์ของการจัดตั้งอุทยานแห่งชาติ ค่อยๆหายไป