แม้รัฐบาลพยายาม จะพยายามประชาสัมพันธ์ให้เห็นถึงประโยชน์โครงการนาแปลงใหญ่ ที่เกษตรได้รับจากการรวมกลุ่มด้วยวิธีการลดต้นทุน แต่จากการสำรวจโครงการนาแปลงใหญ่ในบางพื้นที่ กลับพบว่าไม่ประสบความสำเร็จเนื่องจากชาวนาติดเงื่อนไขเป็นหนี้นายทุน เมื่อจะซื้อปัจจัยการผลิตหรือขายผลผลิตนายทุนจะเป็นตัวกำหนด
ที่นากว่า 1,000 ไร่ จากเกษตรกร 50 ราย ใน ต.ขุนศรี อ.ไทรน้อย จ.นนทบุรี ถูกนำมาเข้าโครงการนาแปลงใหญ่ตั้งแต่ปี 2558 หลังจากรัฐบาลมีนโยบายปรับโครงสร้างการผลิตข้าวโดยการลดต้นทุน หนึ่งในชาวนาที่ร่วมโครงการบอกว่า โครงการนานี้เป็นแนวคิดที่ดีแต่ในเชิงปฎิบัติทำได้ยากและไม่ได้ให้ประโยชน์ เพราะไม่ช่วยลดต้นทุนเรื่องการซื้อปัจจัยการผลิต และการขาย เพราะต่างคนต่างทำต่างคนต่างขาย สิ่งที่ได้คือองค์ความรู้เท่านั้น
"ในเชิงปฏิบัติ การรวมตัวกันทำ รวมตัวกันขายในภาคกลางไม่สามารถทำได้ เพราะต่างคนต่างทำ ไม่มีฤดูมาบังคับว่าต้องขายพร้อมกัน เก็บเกี่ยวพร้อมกัน เพราะฉะนั้นใครมีน้ำก็ทำก่อนใครไม่มีน้ำก็รอโอกาสไปเรื่อยๆ เพราะฉะนั้นการพร้อมกันเลยจึงไม่มี ทำไม่ได้ ในเชิงปฏิบัติจริงๆทำไม่ได้ ที่จะทำตามนโยบายของรัฐบาล "เกษตรกร ระบุ
นายสมบัติ ลักษณะวิไล เกษตรกร ต.ขุนศรี อ.ไทรน้อย จ.นนทบุรี ผู้จัดการนาแปลงใหญ่ ใน อ.ไทรน้อย ระบุว่า โครงการนี้รัฐต้องการช่วยเหลือเกษตรกรในการลดต้นทุนการผลิตผ่านการรวมแปลงขนาดใหญ่ ตั้งแต่การซื้อปัจจัยการผลิต การใช้เครื่องจักรและการขาย แต่การรวมแปลงในพื้นที่มีปัญหาในการจัดการ เนื่องจากเกษตรกรไม่ได้เป็นเจ้าของที่ดิน พันธุ์ข้าวมีความหลากหลาย และการเพาะปลูกที่ไม่เป็นฤดูทำให้เกิดการรวมตัวยากและติดเงื่อนไขเป็นลูกหนี้นายทุนทั้งร้านจำหน่ายปัจจัยการผลิต โรงสี จึงทำไม่ได้ประโยชน์จากการรวมแปลง
"เกษตรกรซึ่งเป็นหนี้สินกับนายทุน ไม่ว่าจะเป็นผู้รับซื้อข้าว ลานตากข้าว ก็จะกู้ทุกรูปแบบทั้งพันธุ์ข้าว ปุ๋ย รวมถึงค่าใช้จ่ายในครัวเรือน ค่าเทอมลูก ซึ่งเมื่อกู้ทุกรูปแบบ เพราะฉะนั้นเมือเป็นลูกหนี้เราก็ไม่สามารถนำผลผลิตไปขายที่อื่นได้ " นายสมบัติ กล่าว
ร้านจำหน่ายปัจจัยการผลิตในพื้นที่ ระบุว่า หากเกษตรกรมีการรวมแปลงขนาดใหญ่ก็เป็นโอกาสของร้านขายปัจจัยการผลิต ซึ่งการรวมกลุ่มจะทำให้เกษตรซื้อได้ราคาถูกเพราะมีการใช้ในปริมาณมาก แต่ขณะนี้ยังไม่เห็นการรวมกลุ่มกันซื้อ
"หากรวมกันมาซื้อปัจจัยการผลิตในแปลงใหญ่ ปกติเราจะไม่ได้ทุกแปลงแต่ถ้ารวมกันมเป็นแปลงใหญ่เราก็จะได้ประโยชน์เพราะได้ขายทั้งหมด ก็กำไรอาจจะลดลงเพราะว่าซื้อจำนวนเยอะเราก็ต้องลดราคาให้"
รศ.ดร.สมพร อิศวิลานนท์ นักวิชาการอาวุโส สถาบันคลังสมองของชาติ (KNIT) ระบุว่า โครงการนาแปลงใหญ่ เป็นโครงการที่มีประโยชน์หากสามารถบริหารจัดการได้ก็ จะช่วยลดต้นทุนได้ แต่สิ่งที่รัฐดำเนินการในขณะนี้ยังไม่เห็นความชัดเจน เสนอว่า โครงนี้จะประสบความสำเร็จได้ภาครัฐจะต้องเข้ามากำกับดูแลอย่างใกล้ชิด เพื่อให้เกิดประโยชน์ตามวัตถุประสงค์ ด้วยการให้ความรู้และสร้างแรงจูงใจให้เกษตรกรเข้าร่วมโครงการ เปลี่ยนการทำเกษตรแบบเดิม ไปอยู่ในรูปแบบของการจัดการ สนับสนุนเมล็ดพันธุ์ที่ดี ใช้เทคโนโลยีในการผลิตและสร้างเอกภาพให้เกิดขึ้นเพื่อให้ง่ายต่อการบริหารจัดการ
"คำถามหลักของนาแปลงใหญ่ก็คือ เมื่อเราพูดถึงนาแปลงใหญ่ ใครคือผู้ประกอบการที่เกิดขึ้นกับนาแปลงใหญ่อันนั้น ถ้าไม่มีความชัดเจนในตัวผู้ประกอบการแล้วเนี่ย โอกาสของนาแปลงใหญ่ ที่จะส่งผลต่อความไม่สำเร็จจะมีสูง กว่าที่มีนาแปลงใหญ่แล้วมีผู้ประกอบการที่ชัดเจน "รศ.ดร.สมพร ทิ้งท้าย