นายธาริต เพ็งดิษฐ์ อธิบดีกรมสอบสวนคดีพิเศษ หรือ ดีเอสไอ ระบุว่า แม้โครงการรับจำนำข้าว จะมีรายละเอียดค่อนข้างรัดกุมทั้งการตรวจสอบประวัติ การขึ้นทะเบียนเกษตรกร แต่พบว่ายังมีช่องทางในการทุจริตจากผู้มีส่วนเกี่ยวข้อง ทั้งเกษตรกร โรงสี พ่อค้าและเจ้าหน้าที่ของรัฐใน 4 ขั้นตอน
สำหรับการขึ้นทะเบียนเกษตรกร พบเกษตรกรที่ไม่มีสิทธิเข้าโครงการรับจ้างจากนายทุนมาขึ้นทะเบียน และนำข้าวนอกโครงการหรือจากประเทศเพื่อนบ้านมาสวมสิทธิ โดยร่วมกับโรงสี
ขณะที่จุดรับจำนำข้าว ดีเอสไอระบุว่า พบโรงสีบางแห่งโกงความชื้น น้ำหนัก สิ่งเจือปน ทำให้ชาวนาได้ราคาข้าวต่ำกว่าความเป็นจริง ส่วนการนำข้าวฝากโกดังกลาง มีการนำข้าวไปหมุนเวียนขายและนำข้าวไม่มีคุณภาพมาปลอมปน จึงควรใช้บริษัทผู้ตรวจสอบข้าว หรือ เซอร์เวเยอร์ มาร่วมตรวจสอบ
นอกจากนี้ยังพบว่าพบว่าคู่สัญญาที่ทำกับรัฐในการส่งข้าวมีบางบริษัทไม่ได้ส่งข้าวครบจำนวนและไม่ได้ส่งออกต่างประเทศ
ร.ต.อ.เฉลิม อยู่บำรุง รองนายกรัฐมนตรี ระบุว่า น.ส.ยิ่งลักษณ์ ชินวัตร นายกรัฐมนตรีกำชับดูแลการทุจริตคอร์รัปชั่นข้าวเป็นพิเศษ ซึ่งเป็น 1 ใน 3 โครงการที่รัฐบาลให้ความสำคัญ นอกเหนือจากโครงการงบประมาณในการเยียวยาฟื้นฟูและป้องกันสาธารณภัย รวมถึงโครงการงบประมาณขององค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น
ในการตรวจสอบ สำนักงานตำรวจแห่งชาติ จะทำงานร่วมกับดีเอสไอ และสำนักงานคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตในภาครัฐหรือ ปปท. เพื่อให้เกิดประโยชน์กับชาวนา โดยที่ผ่านมามีการตั้งคณะอนุกรรมตรวจสอบ 11 ชุดและจัดตั้งศูนย์ปฎิบัติการอำนวยการตรวจสอบเพื่อป้องกันการทุจริต ทั้งนี้ในการลงพื้นที่ตรวจสอบ จะมีการส่งเจ้าหน้าที่ตำรวจ 2 นาย ประจำโรงสี 804 แห่งทั่วประเทศ เสริมการทำงานของเจ้าหน้าที่ที่มีอยู่เดิม
ในปีนี้ (2555) ดีเอสไอรับคดีทุจริตจำนำข้าวที่ จ.กาญจนบุรีและนครนายกเป็นคดีพิเศษ หลังจากที่กรมการค้าภายในมาร้องเรียนจากเจ้าของกิจการและเจ้าหน้าที่ของรัฐ ขณะนี้อยู่ระหว่างการตรวจสอบข้อเท็จจริง นอกจากนี้ยังมีที่ตำรวจดำเนินคดีกรณีสวมสิทธิและไม่ออกใบประทวนให้เกษตรกรที่บุรีรัมย์ และเพชรบูรณ์ที่พบว่าโรงสีบางแห่งหลอกเกษตรกรรับจำนำข้าวโดยไม่จ่ายเงินให้เกษตรกรก่อนปิดกิจการหนี