หลังการลงนามความตกลงระหว่างสภาความมั่นคงแห่งชาติ (สมช.) กับแกนนำขบวนการแนวร่วมปฏิวัติแห่งชาติมลายูปัตตานี หรือ บีอาร์เอ็น โคออร์ดิเนต เกิดกระแสวิพากษ์วิจารณ์ และข้อห่วงใยจากหลายฝ่ายถึงผลที่ตามมา ทั้งกรณีข้อกฎหมาย สถานการณ์ในพื้นที่ และประเด็นทางการเมือง แต่น.ส.ยิ่งลักษณ์ ชินวัตร นายกรัฐมนตรี เรียกร้องทุกฝ่ายยุติการเชื่อมโยงประเด็นการแก้ปัญหาความไม่สงบในจังหวัดชายแดนภาคใต้ กับประเด็นทางการเมือง และระบุว่า การลงนามเป็นเพียงการแสดงเจตนารมณ์และจุดเริ่มต้น เพื่อรับฟังและพูดคุย ที่จะหาทางออกของปัญหาร่วมกัน พร้อมกับยืนยันว่าการลงนามจะไม่มีผลผูกพันทางกฎหมาย
ขณะที่นายอภิสิทธิ์ เวชชาชีวะ ผู้นำฝ่ายค้าน แสดงความเป็นห่วงการลงนามความตกลงที่เกิดขึ้น เพราะแม้จะเห็นด้วยกับการพูดคุย แต่ก็ต้องคำนึงถึงจังหวะเวลา และหากหวังผลทางการเมืองจนเกินไป อาจทำให้ปัญหาสะท้อนกลับได้ พร้อมประเมินว่า ทั้งรัฐบาลไทยและมาเลยเซีย กำลังหวังผลทางการเมืองกับการลงนามครั้งนี้ โดยฝ่ายมาเลเซียเตรียมเลือกตั้งใหญ่ ขณะที่ฝ่ายไทยต้องการให้ทุกฝ่ายเห็นความคืบหน้าในการแก้ปัญหาใต้
ด้านพล.ท.ภราดร พัฒนถาบุตร เลขาธิการสภาความมั่นคงแห่งชาติ ย้ำว่าการลงนามคือเป็นจุดเริ่มต้นที่แสดงเจตนารมณ์ร่วมกันในขบวนการพูดคุย เพื่อสันติภาพ โดยอีก 2 สัปดาห์ข้างหน้า จะเป็นขั้นตอนของการพูดคุยและรับฟังความเห็นต่าง ๆ เพื่อกำหนดแนวทางการแก้ไขปัญหา และไม่ยืนยันว่าในระหว่างช่วงนี้จะเกิดเหตุการณ์รุนแรงเกิดขึ้นในพื้นที่หรือไม่
และในเวลา 14.00 น. วันนี้ ร.ต.อ.เฉลิม อยู่บำรุง รองนายกรัฐมนตรี ผู้อำนวยการศูนย์ปฏิบัติการคณะกรรมการขับเคลื่อนนโยบายและยุทธศาสตร์การแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ หรือ ศปก.กปต. เรียกประชุมทีมที่ปรึกษาการแก้ปัญหาความไม่สงบในจังหวัดชายแดนภาคใต้ โดยได้เชิญทีมที่ปรึกษา ในฐานะที่ปรึกษารองนายกรัฐมนตรี ซึ่งเป็นกลุ่มการเมืองในพื้นที่ หรือ กลุ่มวาดะห์ เข้าร่วมมาหารืออย่างเป็นทางการเป็นครั้งแรก