ปัญหาความไม่สงบในพื้นที่ชายแดนใต้ที่ยืดเยื้อยาวนาน เป็นอีกโจทย์ที่รัฐบาลแพทองธาร ต้องสางปม-ขจัดเงื่อนไขความขัดแย้งในทุกมิติ ขณะที่ กอ.รมน. กระชับความร่วมมือ ศอ.บต. ขับเคลื่อนนโยบายดับไฟใต้เพื่อไม่ให้เกิดช่องว่างในการทำงานช่วงเปลี่ยนผ่านจากรัฐบาลเศรษฐา
อดีตนายกฯ ชวน หลีกภัย ให้จับตาดูเหตุความรุนแรงในพื้นที่ภาคใต้ ในยุครัฐบาลเศรษฐา ทวีสิน เพราะแค่สัปดาห์เดียวมีเหตุการณ์ถึง 40 ครั้ง หลังศาลอาญากรุงเทพใต้ ยกฟ้องคดีหมิ่นประมาท นายทักษิณ ชินวัตร กรณีวิพากษ์วิจารณ์แนวนโยบายการแก้ปัญหาเหตุความรุนแรงในจังหวัดชายแดนใต้