นายดอยธิเบศร์ ดัชนี บุตรชายของอาจารย์ถวัลย์ ดัชนี ระบุว่า ที่ผ่านมาพิพิธภัณฑ์บ้านดำบริหารจัดการเงินโดยพึ่งพาตัวเอง ไม่ได้รับการสนับสนุนจากหน่วยงานใด ไม่ว่าจะเป็นการดูแลในช่วงเวลาปกติ หรือกรณีถูกน้ำท่วม แผ่นดินไหว จนมหาวิหารเสียหายหนักเมื่อหลายปีก่อน ซึ่งมีค่าใช้จ่ายในการดูแลสูงถึงเดือนละกว่า 1 ล้านบาท จึงได้หารือกันเพื่อให้บ้านดำสามารถดำรงอยู่ได้อย่างยั่งยืน
ด้วยการจัดเก็บค่าเข้าชมเพื่อนำรายได้มาเป็นค่าบริหารจัดการและค่าบำรุงรักษาบ้านดำ โดยกำหนดจัดเก็บคนละ 80 บาท ทั้งชาวไทยและต่างประเทศ ยกเว้นเด็กอายุไม่เกิน 12 ปีและเด็กที่มีความสูงไม่เกิน 120 เซ็นติเมตร คนทุพพลภาพหรือคนพิการ นักบวช ผู้สวมชุดนักเรียนนักศึกษา ผู้สูงอายุตั้งแต่ 60 ปีขึ้นไป ข้าราชการ มัคคุเทศก์ องค์กรภาครัฐและเอกชนที่ติดต่อไปล่วงหน้า ส่วนสถาบันการศึกษาที่ไปทัศนศึกษายังสามารถเข้าชมฟรีเหมือนเดิม ซึ่งโอกาสนี้ผู้ซื้อตั๋วเข้าชมบ้านดำจะได้รับภาพพิมพ์ "มารผจญ" มูลค่าใบละ 550 บาท ซึ่งจัดทำจำนวนจำกัด 100,000 ใบเท่านั้น
ภายในบ้านดำ มีมัคคุเทศก์ให้บริการ 3 ภาษาคือ ไทย จีน และอังกฤษ ประจำอยู่ตรงมหาวิหารและตามอาคารด้านในอีกหลายจุด และเพิ่มพนักงานจาก 40 คนเป็น 60 คน เพื่ออำนวยความสะดวกให้นักท่องเที่ยว