วันที่ 29 มี.ค.2559 พล.อ.ธวัชชัย สมุทรสาคร ประธานกรรมการบริษัทรถไฟฟ้า ร.ฟ.ท. จำกัด (รฟฟท.) ผู้ให้บริการรถไฟฟ้าแอร์พอร์ต เรล ลิงก์ เปิดเผยว่า ก่อนหน้านี้ที่ประชุมบอร์ดบริษัท รฟฟท. มีมติอนุมัติแผนปฏิบัติงานของบริษัท เช่น การซ่อมใหญ่รถไฟฟ้า 9 ขบวน การจัดซื้อระบบสำรองไฟฟ้า 7 ชุด วงเงิน 32 ล้านบาท การจัดซื้ออะไหล่ซ่อมใหญ่รถไฟฟ้าแอร์พอร์ตลิงค์จำนวน 13 รายการ วงเงินประมาณ 300 ล้านบาท รวมทั้งการแยกการบริหารงานของบริษัทออกจากการรถไฟแห่งประเทศไทย โดยจะมีการเสนอมติที่ประชุมบอร์ดให้คณะกรรมการการรถไฟพิจารณาอนุมัติ
หากบอร์ดการรถไฟฯ อนุมัติแล้ว คาดว่า จะทำให้การบริการรถไฟฟ้าแอร์พอร์ตลิงค์ไม่มีปัญหาเหมือนที่ผ่านมา ส่วนงานด้านการจัดซื้อจัดจ้างจะเป็นไปตามกระบวนการและระเบียบรัฐวิสาหกิจ ซึ่งไม่แตกต่างจากเดิมและจะใช้เวลาคัดเลือกเอกชนเข้ามาซ่อมได้ประมาณ 10 เดือน จากนั้นจึงจะตรวจสภาพและซ่อมรถไฟฟ้าขบวนละ 1 เดือนจนครบ 9 ขบวน
ที่ผ่านมาบริษัท รถไฟฟ้า ร.ฟ.ท. จำกัด ได้ดำเนินการซ่อมใหญ่รถไฟฟ้าแอร์พอร์ตลิงค์ไปแล้ว หลังจากวิ่งให้บริการเป็น ระยะทาง 1.2 ล้านกิโลเมตร ซึ่งมีการซ่อมไปแล้วบางส่วน และปัจจุบันรถไฟฟ้าได้วิ่งให้บริการรวมแล้ว 1.5-1.6 ล้านกิโลเมตร แต่ในอีก 1 ปีข้างหน้า หรือเมื่อวิ่งได้ 2.4 ล้านกิโลเมตร จะต้องมีการซ่อมใหญ่อีกครั้ง