ตัวแทนคณะที่ปรึกษากฎหมายและคณะศิษยานุศิษย์ วัดพระธรรมกาย ขอให้ดีเอสไอชี้แจงความคืบหน้าในการดำเนินคดีกับนายไพบูลย์ และพระพุทธะอิสระหลังจากที่อัยการมีความเห็นควรสั่งฟ้องฐานสนับสนุนการกบฏ จากการร่วมชุมนุมทางการเมืองกับนายสุเทพ เทือกสุบรรณ เลขาธิการ กปปส. เมื่อปี 2556 โดยคณะศิษย์ฯ มีข้อสงสัยว่าเหตุใดพนักงานสอบสวนดีเอสไอจึงยังไม่คุมตัวนายไพบูลย์นำสั่งอัยการ
ทั้งนี้ นายไพบูลย์เป็นหนึ่งในผู้ที่มีบทบาทในการตรวจสอบและเรียกร้องให้ดำเนินคดีพระธัมมชโย เจ้าอาวาสวัดพระธรรมกาย
นอกจากนี้ คณะศิษย์ฯ ยังได้ขอให้ตรวจสอบการดำเนินคดีนายองอาจ ธรรมนิทา โฆษกคณะศิษยานุศิษย์ ในข้อหาหมิ่นประมาทโดยพระพุทธะอิสระ เจ้าอาวาสวัดอ้อน้อย และดีเอสไอว่ามีพยานหลักฐานที่เป็นข้อเท็จจริงหรือไม่
พ.ต.ท.ชลภัทร ปานสกุล รอง ผอ.ศูนย์ปฏิบัติการสืบสวนอาชญากรรมพิเศษ ชี้แจงข้อสงสัยของคณะศิษยานุศิษย์ว่า การดำเนินคดีทุกคดีเป็นไปตามขั้นตอนทางกฎหมาย คดีของนายไพบูลย์และพระพุทธะอิสระซึ่งตกเป็นผู้ต้องหาในคดีพิเศษร่วมกับนายสุเทพ เทือกสุบรรณ ในกรณีการชุมนุมทางการเมืองเมื่อปี 2556 ในข้อหาเกี่ยวกับการเป็นกบฏ คดีนี้พนักงานสอบสวนได้สรุปสำนวนมีความเห็นสั่งฟ้องผู้ต้องหา 51 คน ซึ่งรวมถึงนายไพบูลย์และพระพุทธะอิสระด้วย ซึ่งได้ส่งพนักงานอัยการไปตั้งแต่วันที่ 1 พ.ค.2557 หลังจากนั้น พนักงานอัยการได้มีความเห็นสั่งฟ้องทั้ง 2 คน ซึ่งดีเอสไอก็ได้ออกหมายจับพระพุทธะอิสระเพื่อแจ้งข้อหาดำเนินคดีและส่งให้พนักงานอัยการแล้ว ปัจจุบันอยู่ในขั้นตอนได้รับการประกันตัว
ส่วนนายไพบูลย์ พนักงานอัยการได้สั่งฟ้องในข้อหาสนับสนุนการเป็นกบฏ แต่ต่อมาพนักงานอัยการได้มีความเห็นสั่งสอบสวนเพิ่มเติม ดังนั้นคดีนี้จึงยังไม่มีการแจ้งข้อหานายไพบูลย์เพราะพนักงานอัยการได้มีคำสั่งสอบเพิ่มเติม ซึ่งดีเอสไอได้สอบสวนเพิ่มเติมไปเกือบเสร็จสิ้นแล้ว
ด้าน พ.ต.ท.สมบูรณ์ สาระสิทธิ์ รองอธิบดีดีเอสไอยืนยันว่า การดำเนินคดีพระธัมมชโยเป็นไปตามขั้นตอน ไม่มีการทำคดีซ้ำซ้อนอย่างที่คณะลูกศิษย์วัดพระธรรมกายตั้งคำถาม เพราะในขั้นแรกเมื่อพระธัมมชโยมีชื่อเป็นผู้รับเงินบริจาคจากประธานสหกรณ์เครดิตยูเนียนคลองจั่น ก็ถูกสอบปากคำในฐานะพยานเท่านั้น แต่เมื่อพบว่ารับเงินบริจาคแล้วและใช้เงินบริจาคดำเนินการในลักษณะเข้าข่ายความผิด ก็ต้องถูกตั้งคดีใหม่ คือ คดีร่วมกันฟอกเงิน
อย่างไรก็ตาม น่าสังเกตว่าเมื่อคณะลูกศิษย์วัดพระธรรมกายยื่นหนังสือถึงดีเอสไอแล้ว ไม่มีใครเข้าร่วมฟังคำชี้แจงจากพนักงานสอบสวนดีเอสไอ