ภายหลังหัวหน้า คสช.ใช้มาตรา 44 ออกคำสั่งหัวหน้า คสช.ที่ 39/2559 จัดระเบียบและแก้ไขปัญหาธรรมาภิบาลในสถาบันอุดมศึกษา ซึ่งมีผลใช้บังคับกับมหาวิทยาลัยราชภัฎสุรินทร์ และมหาวิทยาลัยราชภัฎชัยภูมิ วันนี้ (14 ก.ค.2559) ผู้สื่อข่าวรายงานว่า คณะผู้บริหารมหาวิทยาลัยราชภัฎสุรินทร์ยังมาปฏิบัติหน้าที่ตามปกติ หลังรับทราบคำสั่ง หัวหน้า คสช.ที่ 39/2559 ซึ่งมีผลบังคับใช้ แต่ยังไม่มีคำสั่งจากรัฐมนตรีกระทรวงศึกษาธิการให้พ้นจากตำแหน่งหรือไปปฏิบัติหน้าที่ในหน่วยงานอื่น นายอัครเดช สุพรรณฝ่าย รองอธิการบดี ระบุถึงสาเหตุการออกคำสั่งฉบับนี้ว่า ที่ผ่านมาสถาบันมีปัญหาเรื่องการสรรหาและแต่งตั้งตั้งอธิการบดี ที่ยืดเยื้อมานานกว่า 6 ปี แม้ทางสภามหาวิทยาลัยยืนยันว่ากระบวนการถูกต้องตามระเบียบ แต่อดีตเลขาธิการคณะกรรมการการอุดมศึกษา (สกอ.) ไม่ได้นำรายชื่อขึ้นทูลเกล้าฯ ให้เหตุผลว่าต้องตรวจสอบคุณสมบัติและความเหมาะสม จึงทำให้ รศ.อัจฉรา ภาณุรัตน์ ผู้ได้รับการสรรหาและปัจจุบันดำรงตำแหน่งรักษาการอธิการบดี ได้ฟ้องร้องอดีตเลขาธิการ สกอ. ขณะนี้คดีอยู่ในชั้นศาลอุทธรณ์
ส่วนที่มหาวิทยาลัยราชภัฎชัยภูมิที่ได้รับผลจากคำสั่งนี้เช่นกัน นายสานนท์ ด่านขุนทด รักษาการอธิการบดี ยอมรับว่ามหาวิทยาลัยมีเรื่องร้องเรียนหลายด้าน โดยเฉพาะการแต่งตั้งนายกสภามหาวิทยาลัยและอธิการบดี ซึ่งคณะผู้บริหารพร้อมปฏิบัติคำสั่งของ คสช.เพื่อแก้ไขปัญหา