สภาพอาคารพิพิธภัณฑ์สระกำแพงใหญ่ อ.อุทุมพรพิสัย จ.ศรีสะเกษ ถูกทิ้งร้างมานานกว่า 4 ปี หลังก่อสร้างแล้วเสร็จเมื่อปี 2556 แต่ไม่สามารถนำวัตถุโบราณที่ขุดได้จากปราสาทสระกำแพงใหญ่ ซึ่งอยู่ห่างจากอาคารพิพิธภัณฑ์เพียง 50 เมตรมาจัดแสดงได้ตามวัตถุประสงค์ เพราะกรมศิลปากรไม่อนุญาต และวางเขื่อนไงต้องนำเงินหลายสิบล้านมาค้ำประกันหากต้องนำไปจัดแสดง
ความไม่ชัดเจนเรื่องเจ้าของโครงการ และการส่งมอบพื้นที่ ทำให้วัดสระกำแพงใหญ่ไม่มีอำนาจเข้าไปบริหารจัดการและวางแนวทางดูแลรักษาวัตถุโบราณที่เหมาะสม จะเห็นได้จากวัตถุโบราณจำนวนมากยังถูกเก็บบนพื้นดิน มีเพียงโรงเรือนขนาดเล็กที่กั้นแดดและฝนป้องกันความเสียหาย
โครงการก่อสร้างพิพิธภัณฑ์สระกำแพงใหญ่เพื่อนำวัตถุโบราณกว่า 200 ชิ้นที่ค้นพบภายในปราสาทสระกำแพงใหญ่มาจัดแสดงเพื่อแสดงออกถึงอัตลักษณ์และประวัติศาสตร์ของคนในท้องถิ่น แต่จนถึงขณะยังไม่สามารถนำโบราณวัตถุมาจัดแสดงได้แม้แต่ชิ้นเดียวทำให้สำนักตรวจสอบพิเศษภาค 5 จังหวัดอุบลราชธานี เข้ามาตรวจสอบการใช้งบประมาณว่าคุ้มค่าหรือไม่
โครงการก่อสร้างพิพิธภัณฑ์สระกำแพงใหญ่ และ โครงการพัฒนาแหล่งท่องเที่ยววัดสระกำแพงใหญ่ งบประมาณกว่า 30 ล้านบาท ได้รับจัดสรรจากกระทรวงการท่องเที่ยวและกีฬา ผ่านงบสนับสนุนกลุ่มจังหวัด ซึ่งเริ่มก่อสร้างตั้งแต่ปี 2555 แต่จนถึงปัจจุบันยังไม่สามารถส่งมอบงานให้พื้นที่ดูแลได้ รวมทั้งกรมศิลปากรก็ไม่มีส่วนร่วมตั้งแต่เริ่มต้น จึงถูกตั้งข้อสังเกตถึงความคุ้มค่าการใช้งบประมาณในโครงการนี้ และ ปัญหาระหว่างหน่วยงานของภาครัฐ