แม้ว่าปี 2559 รัฐบาลจะให้ความสำคัญกับการปราบปรามการทุจริต แต่ "ไทยพีบีเอส" ยังตรวจสอบพบความไม่ชอบมาพากลในโครงการต่างๆ ในระดับท้องถิ่น แม้งบประมาณจะไม่มากนักเมื่อเทียบกับโครงการของรัฐในระดับชาติ แต่ก็สะท้อนให้เห็นถึงปัญหาทุจริตคอร์รัปชั่นที่ยังมีอยู่
ตลอดปี 2559 ระบบรางไทยมีปัญหาบ่อยครั้ง ไม่ว่าจะบีทีเอส แอร์พอร์ตเรลลิงก์ขัดข้อง หรือตามจุดตัดทางลักผ่านทางรถไฟ แม้รัฐบาลให้ความสำคัญกับระบบราง เตรียมแผนการลงทุนไว้มหาศาล นี่จึงเป็นที่มาของการตั้งกรมขนส่งทางราง เพื่อยกระดับมาตรฐานระบบรางของไทย
"ทัวร์ศูนย์เหรียญ" น่าจะเป็นหนึ่งในคำที่อยู่ในข่าวมากที่สุดคำหนึ่งในช่วงครึ่งหลังของปี 2559 เมื่อมีการเปิดโปงธุรกิจทัวร์ที่ขายแพ็กเกจทัวร์ต่ำกว่าทุนและขายแพ็กเกจเสริมเพื่อเอาทุนคืนและทำกำไรที่เรียกกันว่า "ทัวร์ศูนย์เหรียญ" จนนำมาสู่การปราบปรามของทางการไทย
เกือบ 1 ปี ที่ไทยพีบีเอสตรวจสอบโครงการขุดลอกแก้มลิงของชลประทานศรีสะเกษ หลังได้รับร้องเรียนจากสมัชชาคนจนว่า อาจมีบางโครงการไม่โปร่งใสและก่อสร้างไม่เป็นไปตามแบบ TOR จากการตรวจสอบ 2 โครงการจากทั้งหมดกว่า 30 โครงการ พบว่า บางโครงการการขุดลอกยังไม่เรียบร้อย