นอกจากสามจังหวัดชายแดนภาคใต้แล้ว จังหวัดที่ถูกระบายสีแดงบนแผนที่แสดงผลการลงประชามติประกอบด้วยจังหวัดในภาคเหนือ 5 จังหวัด และภาคตะวันออกเฉียงเหนืออีก 15 จังหวัด
ช่วงค่ำของวันลงประชามติเมื่อวานนี้ (7 ส.ค.2559) คณะกรรมการการเลือกตั้ง (กกต.) รายงานผลการลงประชามติร่างรัฐธรรมนูญอย่างไม่เป็นทางการหลังจากนับคะแนนแล้วเสร็จไป 94 เปอร์เซนต์ คะแนนใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้เป็นดังนี้
จ.ปัตตานี จำนวนผู้มีสิทธิ์ออกเสียง 692,643 คน
เห็นด้วยกับร่างรัฐธรรมนูญ 86,219 คะแนน ไม่เห็นด้วย 160,541 คะแนน
เห็นด้วยกับคำถามเพิ่มเติม 82,363 คะแนน ไม่เห็นด้วย 158,195 คะแนน
จ.นราธิวาส จำนวนผู้มีสิทธิ์ออกเสียง 781,839 คน
เห็นด้วยกับร่างรัฐธรรมนูญ 84,122 คะแนน ไม่เห็นด้วย 136,284 คะแนน
เห็นด้วยกับคำถามเพิ่มเติม 79,979 คะแนน ไม่เห็นด้วย 134,005 คะแนน
จ.ยะลา จำนวนผู้มีสิทธิ์ออกเสียง 516,785 คน
เห็นด้วยกับร่างรัฐธรรมนูญ 76,024 คะแนน ไม่เห็นด้วย 110,995 คะแนน
เห็นด้วยกับคำถามเพิ่มเติม 72,447 คะแนน ไม่เห็นด้วย 109,215 คะแนน
น.ส.รุ่งรวี เฉลิมศรีภิญโญรัช นักวิจัยอิสระและอดีตนักวิเคราะห์ของอินเตอร์เนชั่นแนล ไครซิส กรุ๊ป ที่เกาะติดสถานการณ์ในจังหวัดชายแดนภาคใต้ วิเคราะห์ว่ากระแส "โหวตโน" ในภาคใต้ตอนล่างน่าจะมาจากสองส่วนหลักๆ คือ
หนึ่ง-การโหวตเพื่อแสดงถึงการต่อต้านทหารที่ปกครองประเทศอยู่ในขณะนี้และคุมปฏิบัติการด้านความมั่นคงในพื้นที่ในจังหวัดภาคใต้มาอย่างยาวนาน การดำรงอยู่ของค่ายทหารและด่านตรวจที่กระจายอยู่บนถนนทั่วพื้นที่เป็นความเป็นจริงของอำนาจที่พวกเขาอยากจะปฏิเสธ
สอง-เป็นการแสดงความไม่เห็นด้วยกับเนื้อหาของร่างรัฐธรรมนูญโดยตรง โดยเฉพาะในประเด็นที่เกี่ยวกับกับการปกป้องศาสนาพุทธ นิกายเถรวาทเป็นการเฉพาะและการเปลี่ยนกรอบเวลาในการอุดหนุนการศึกษาจากเดิมป.1 ถึง ม.6 เป็นระดับอนุบาลถึงม. 3 ซึ่งมีความหวาดกลัวว่าจะส่งผลกระทบถึงเงินอุดหนุนต่อโรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลามซึ่งส่วนใหญ่เปิดสอนในระดับมัธยมศึกษาทั้งตอนต้นและตอนปลาย
"ดูเหมือนว่าประเด็นแรกอาจจะมีน้ำหนักมากกว่าในการตัดสินใจโหวตโนของคนจำนวนมาก พูดอีกอย่างสำหรับคนในจังหวัดชายแดนภาคใต้ การลงประชามติในครั้งนี้อาจจะเป็น protest vote คือเป็นการแสดงการปฏิเสธกองทัพซึ่งหลังการรัฐประหารยิ่งรวบอำนาจในการบริหารจัดการเรื่องชายแดนใต้อย่างเบ็ดเสร็จมากยิ่งขึ้น ศอ.บต. ซึ่งเคยมีความเป็นอิสระระดับหนึ่งในการกำหนดนโยบายในภาคใต้ก็กลับมาอยู่ภายใต้การกำกับของ กอ.รมน. ซึ่งนโยบายนี้ดำเนินมาตั้งแต่หลังรัฐประหารแต่เพิ่งถูกทำให้ชอบด้วยกฎหมายด้วยคำสั่งหัวหน้าคสช. เมื่อเดือนเมษายนที่ผ่านมา" น.ส.รุ่งรวีกล่าว
"แม้ว่าร่างรัฐธรรมนูญและคำถามพ่วงจะได้รับความเห็นชอบจากเสียงส่วนใหญ่ในการลงประชามติ แต่เสียงไม่เห็นชอบร่างรัฐธรรมนูญที่เป็นเสียงข้างมากในสามจังหวัดชายแดนภาคใต้อาจเป็นการสะท้อนดังๆ ถึงกระแสการต่อต้านทหารที่ยังคงหนักแน่นอยู่ในพื้นที่ชายแดนภาคใต้"
ขณะที่ ผศ.ดร.ศรีสมภพ จิตร์ภิรมย์ศรี ผู้อำนวยการศูนย์เฝ้าระวังสถานการณ์ภาคใต้วิเคราะห์ผลประชามติไม่รับร่างรัฐธรรมนูญใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ว่า มีความหมายทางการเมืองที่แตกต่างจากการลงประชามติร่างรัฐธรรมนูญเมื่อปี 2550 อย่างชัดเจน ซึ่งครั้งนั้นผลประชามติในพื้นที่ 3 จังหวัด ประชาชนรับร่างรัฐธรรมนูญกว่าร้อยละ 70
ผศ.ดร.ศรีสมภพวิเคราะห์ว่าสาเหตุหนึ่งเป็นเพราะในประเด็นศาสนา อัตลักษณ์ วัฒนธรรม ชาติพันธุ์ ท้องถิ่นในร่างรัฐธรรมนูญถูกกดให้มีความหมายที่แคบลง และใช้เงื่อนไขความมั่นคงเข้ามา โดยเฉพาะเรื่องศาสนาที่เด่นชัดมาก กล่าวคือมาตรา 67 ทำให้เกิดความรู้สึกว่ารัฐให้การสนับสนุนศาสนาพุทธศาสนาเดียว และประเด็นการกระจายอำนาจก็มีขีดจำกัด
ผศ.ดร.ศรีสมภพกล่าวว่า ก่อนการลงประชามติ ผู้นำศาสนา โรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลาม ปอเนาะและนักการเมืองบางส่วนในจังหวัดชายแดนภาคใต้ได้รวมตัวกันวิเคราะห์เนื้อหาของร่างรัฐธรรมนูญ ทำให้เครือข่ายของผู้ที่ไม่เห็นด้วยกับร่างรัฐธรรมนูญขยายออกไป ประกอบกับเงื่อนไขความขัดแย้งเดิมที่มีอยู่ในพื้นที่ ทำให้กลุ่มผู้ไม่เห็นชอบกับร่างรัฐธรรมนูญเพิ่มมากขึ้น
ผศ.ดร.ศรีสมภพ ยังชี้อีกว่าการไม่รับร่างรัฐธรรมนูญมีผลต่อกระบวนการสันติภาพในระยะยาว เนื่องจากร่างรัฐธรรมนูญฉบับประชามติปิดเงื่อนไขเรื่องการกระจายอำนาจและเขตปกครองพิเศษซึ่งต่างจากรัฐธรรมนูญปี 2550 ที่เปิดกว้างมากกว่าและเปิดโอกาสให้มีการพูดคุยได้มากกว่า ซึ่งประเด็นนี้จะทำให้เกิดปัญหาในการพูดคุยสันติภาพต่อไป
ด้านนายนัจมุดดิน อูมา อดีตสมาชิกสภาร่างรัฐธรรมนูญ เชื่อว่าสาเหตุที่ประชาชนส่วนใหญ่ใน จ.ปัตตานี ยะลาและนราธิวาส ไม่รับร่างรัฐธรรมนูญเพราะกังวลในประเด็นเรื่องเสรีภาพในการนับถือศาสนาและการประกอบศาสนกิจ รวมถึงไม่เชื่อมั่นว่ารัฐจะสานต่อการพูดคุยสันติสุข พร้อมปฎิเสธว่านักการเมืองในพื้นที่เกี่ยวข้องกับการสร้างเหตุรุนแรงก่อนการลงประชามติหรือปล่อยข่าวลือบิดเบือนร่างรัฐธรรมนูญ
อันที่จริงกระแส "ไม่รับร่างรัฐธรรมนูญ" ในจังหวัดชายแดนภาคใต้นั้นดังขึ้นเป็นระยะตั้งแต่ก่อนการลงประชามติวันที่ 7 ส.ค.แล้ว เช่น การประกาศเจตนารมณ์ในกิจกรรม "ใส่ใจประชามติ รัฐธรรมนูญกับอนาคตประชาชน" ที่หอประชุมเล็ก มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ท่าพระจันทร์ เมื่อวันที่ 24 ก.ค.2559 ซึ่งในครั้งนั้นนายตูแวนียา ตูแวแมแง เครือข่ายประชาชนจังหวัดชายแดนภาคใต้ปกป้องสิทธิชุมชนและสิ่งแวดล้อมเพื่อสันติภาพ (Permatamas) และนายขดดะรี บินเซ็น ผู้แทนจากภาคีเครือข่ายด้านการศึกษา ศาสนาและวัฒนธรรมแดนใต้ ระบุตรงกันว่า ร่างรัฐธรรมนูญฉบับนี้ปกป้องสิทธิของผู้ที่นับถือศาสนาพุทธนิกายเถรวาทเท่านั้น แต่ละเลยผู้ที่นับถือศาสนาอื่นและศาสนาพุทธนิกายอื่น ซึ่งในบริบทของสามจังหวัดชายแดนภาคใต้อาจเป็นการละเมิดสิทธิของผู้นับถือศาสนาอิสลาม
ตัวอย่างเช่น มาตรา 31 ของร่างรัฐธรรมนูญที่ระบุว่า "บุคคลย่อมมีเสรีภาพบริบูรณ์ในการนับถือศาสนาและย่อมมีเสรีภาพในการปฏิบัติหรือประกอบพิธีกรรมตามหลักศาสนาของตน แต่ต้องไม่เป็นปฏิปักษ์ต่อหน้าที่ของปวงชนชาวไทย ไม่เป็นอันตรายตอ่ความปลอดภัยของรัฐและไม่ขัดต่อความสงบเรียบร้อยหรือศีลธรรมอันดีของประชาชน" ซึ่งนายขดดะรีมองว่าอาจทำให้ผู้ที่นับถือศาสนาต่างๆ ถูกกล่าวหาว่าเป็นภัยต่อรัฐได้โดยง่าย