วิกฤติน้ำท่วมกรุงเทพเมื่อปี 2538 ทำให้พระบาทสมเด็จพระปรมิทรมหาภูมิพลอดุลยเดช มีรับสั่งให้กรมชลประทานปรับปรุงคลองลัดโพธิ์ที่เคยใช้สัญจรทางน้ำ มาเป็น "โครงการคลองลัดโพธิ์ อันเนื่องมาจากพระราชดำริ" เพื่อแก้ปัญหาน้ำท่วม ซึ่งสร้างแล้วเสร็จ ในปี 2549 และทรงเสด็จพระราชดำเนินทางชลมารค ไปทรงเปิดประตูระบายน้ำคลองลัดโพธิ์ ในวันที่ 24 พ.ย.2553
นายปราโมทย์ ไม้กลัด อดีตอธิบดีกรมชลประทานย้อนความหลังให้ฟังว่า ครั้งนั้นในหลวงทรงมีรับสั่งให้อธิบดีกรมชลประทานในขณะนี้นั้นทำโครงการคลองลัดโพธิ์จะได้ช่วยระบายน้ำอุทกภัย เพราะเดิมทีนั้นคลองมีระยะทางยาว 18 กิโลเมตร อ้อมคุ้งบางกระเจ้า เมื่อทำคลองลัดโพธิ์แล้วเหลือระยะทาง 600 เมตร
เดิมการระบายน้ำผ่านคลองลัดโพธิ์ แม่น้ำเจ้าพระยาจะต้องระบายผ่านพื้นที่กระเพาะหมูหรือคุ้งบางกระเจ้า ด้วยระยะทาง 18 กิโลเมตร ก่อนออกปากแม่น้ำเจ้าพระยา แต่หลังจากสร้างคลองลัดโพธิ์ที่ย่นระยะทางการระบายน้ำให้เหลือเพียง 600 เมตร ก็ช่วยลดเวลาการระบายน้ำออกทะเลจาก 5 ชั่วโมง เหลือเพียง 10 นาทีเท่านั้น ด้วยปริมาณน้ำที่ไหลผ่านไม่เกิน 500 ลูกบาศก์เมตรต่อวินาที
ในอดีตพื้นที่กระเพาะหมู หรือคุ้งบางกระเจ้า ใน อ.พระประแดง จ.สมุทรปราการ กว่า 12,000 ไร่ จะถูกน้ำท่วมสูงกว่า 1 เมตรทุกปี แต่หลังการก่อสร้างคลองลัดโพธิ์ตามแนวพระราชดำริ ก็ไม่เกิดอุทกภัยอีกเลย
"สมัยเด็กๆ พอลงบันไดบ้านก็เจอน้ำแล้ว เกาะกระเพาะหมูประสบปัญหาเรื่องอุทกภัยมาตลอด พอมีประตูระบายน้ำคลองลัดโพธิ์ ปัญหาน้ำท่วมก็หมดไปเลย" นางเตือนใจ เสกตระกูล ผู้ใหญ่บ้านหมู่ 3 ต.ทรงคนอง อ.พระประแดง จ.สมุทรปราการ
นายชัยพร หรหมสุวรรณ รักษาการผู้อำนวยการโครงการชลประทานสมุทรปราการ กล่าวว่า ถ้าไม่มีประตูระบายน้ำคลองลัดโพธ์ ระดับน้ำจะสูงขึ้นจนอาจส่งผลกระทบกับบ้านเรือนที่อยู่ริมแม่น้ำเจ้าพระยา
"แต่เมื่อเราตัดน้ำปริมาณที่สูงท่วมก็ก็เป็นการตัดยอดน้ำช่วยผู้ที่อยู่ริมตลิ่ง แต่เมื่อเราตัดยอดน้ำ 460 ระดับน้ำจะลดลงในระดับที่ไม่ก่อให้เกิดความเสียหาย โครงการนี้จะบรรเทาน้ำท่วมที่เกิดขึ้นทางตอนเหนือได้" นายชัยพรกล่าว
นายชัยพรบอกด้วยว่า นอกจากคลองลัดโพธิ์จะช่วยลดปัญหาน้ำท่วมตั้งแต่ จังหวัดปทุมธานี นนทบุรี กรุงเทพมหานคร และสมุทรปราการในช่วงฤดูฝนได้แล้ว ในฤดูแล้ง ยังสามารถหน่วงน้ำเค็ม ในช่วงน้ำทะเลหนุนสูงได้อีกด้วย